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魚類生活的地方稱為水生棲息地，其中包括海洋、河流、湖泊、池塘、珊瑚礁，甚至深海海溝等多樣化的水環境。
魚類已經進化到可以在不同類型的水域條件下生存，大致分為淡水、鹹水和半鹹水（兩者的混合）。 淡水魚，如鱒魚、鯰魚和鱸魚，在鹽度較低的湖泊、河流和溪流中繁衍生息。
相較之下，鹹水魚，包括鮪魚、小丑魚和鯊魚，生活在鹽度要高得多的廣闊海洋中。
有些物種，如鮭魚和鰻魚，是溯河產卵或降河產卵，這意味著它們在生命的不同階段在淡水和鹹水環境之間遷徙。
珊瑚礁存在於溫暖的淺海水域，是數千種海洋物種充滿活力的家園，提供食物、庇護所和繁殖地。 紅樹林和河口是淡水和鹹水混合的地方，也是許多魚類的重要生態系統，是幼魚遷移到開放水域之前的育苗地。
在深海中，魚類已經適應了高壓、低溫和完全黑暗等極端條件。
琵琶魚和吞鰻等深海生物依靠獨特的生存機制（包括生物發光）來吸引獵物並在周圍環境中導航。
無論其特定的棲息地如何，魚類都依賴環境來滿足基本的生存需求，包括氧氣、食物和免受捕食者的保護。
然而，污染、過度捕撈和氣候變遷等人類活動對這些水生生態系統構成了重大威脅，影響了全世界的魚類族群。
海洋保護區和永續捕撈做法等保育工作對於保護這些棲息地和確保子孫後代的多種魚類的生存至關重要。